Университет имеет три крупные региональные учебные структуры в ранге филиала:

• Чебоксарский институт экономики и менеджмента был создан в 1997 году на базе спецфакультета СПбГПУ, функционирующего с 1990 года.
• Череповецкий институт менеджмента и информационных технологий был организован СПбГПУ и Череповецким координационным центром РАН в сентябре 1997 года как факультет переподготовки специалистов. В 1998 г. он получил статус филиала университета с подготовкой студентов по всем формам обучения.
• Институт ядерной энергетики в г. Сосновый Бор был создан в 1995 году для подготовки инженерных кадров атомной индустрии города Сосновый Бор и Северо-Западного региона России. Он ведет подготовку бакалавров (4года) и магистров (6 лет), а также обеспечивает ускоренную подготовку в очно-заочной (вечерней) форме обучения лиц, имеющих среднее специальное техническое образование.