Политехнический университет в 2010 году получил статус национального исследовательского  университета (НИУ). Основной целью программы развития НИУ "СПБГПУ" является модернизация и развитие его как университета нового типа, интегрирующего мультидисциплинарные научные исследования и технологии в областях, определяющих конкурентоспособность национальной экономики. Организационная структура научной деятельности в ВУЗе ориентирована на достижение этой цели.

Научно-технический совет университета определяет направления научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ, инновационную политику университета, осуществляет анализ результатов деятельности отдельных подразделений университета в этой сфере.

Организация научных исследований, планово-экономическое сопровождение и коммерциализация их результатов обеспечивается следующими подразделениями.

Объединенный научно-технологический институт (ОНТИ) (исполнительный директор проф. А.А. Попович) является новой формой организации научных исследований, инновационной и научно-производственной деятельности. Главная цель функционирования ОНТИ - ускорение вывода на рынок разработок ученых и специалистов университета.

Департамент научных исследований (директор д.э.н. А.В. Бабкин) - координирует взаимодействие подразделений университета в вопросах подготовки научных кадров, редакционно-издательской деятельности, научного творчества молодых ученых и студентов,  проведения научных конференций, подготовки и подачи заявок на гранты. В составе департамента:

• Центр научно-технической информации

• Отдел по работе с молодыми учеными

• Отдел НИРС

Департамент научно-инновационной деятельности и коммерциализации (директор к.т.н. В.Э. Виколайнен) - обеспечивает взаимодействие субъектов инновационной инфраструктуры СПбГПУ, а также взаимодействие университета с реальным сектором экономики. В состав департамента входят бизнес-инкубатор «Политехнический», 5 отделов, в том числе:

• Отдел интеллектуальной собственности

• Технопарк «Политехнический»

• Отдел малого инновационного бизнеса

Департамент научно-организационной деятельности (директор к.т.н. А.М. Митрофанов) - осуществляет информационно-аналитическую и организационную поддержку развития научной деятельности университета, в том числе – международной.

Департамент планирования, учета и финансового контроля НИОКР (директор С.М. Шелюховская) - осуществляет документационное сопровождение НИР и НИОКР, ведет оперативное планирование, финансовый и статистический учет бюджетной и внебюджетной научной деятельности структурных подразделений СПбГПУ, контролирует исполнения смет доходов и расходов по лицевым счетам договоров и научных проектов.